Anthropologie culturelle : Les collections d’anthropologie culturelle du Muséum sont tournées vers les problématiques des interrelations des sociétés humaines avec leur environnement, à travers les techniques, les représentations, les savoirs et les savoir-faire. Elles comportent trois sous-ensembles : ethnologie, ethnobotanique et ethnoécologie. L’ethnologie aborde également les questions de l’évolution techno-culturelle des sociétés dans le contexte de la mondialisation, ce qui comprend les aspects identitaires. L'ethnobotanique illustre le monde végétal d'importance culturelle pour les sociétés humaines. L’ethnoécologie se concentre sur les objets médiateurs avec le milieu naturel, à travers les outils, les techniques et les matières animales et végétales transformées.
Anthropologie biologique : Les collections d'anthropologie biologique du Muséum sont parmi les plus importantes au monde par leur diversité et constituent un matériel unique pour des recherches comparatives. Avec environ 30 000 pièces ou lots, ces collections sont célèbres pour leurs grands fossiles originaux du paléolithique européen, dont les Hommes de Cro-Magnon et de nombreux néandertaliens, mais aussi pour leurs moulages phrénologiques et ethnologiques ou encore leurs momies.
Restes humains : La collection ostéologique de restes humains est très diversifiée : plus de 1 000 squelettes dont 360 articulés, 18 000 crânes, dont certains appartiennent à des personnages célèbres (Descartes, Saint-Simon, Voigtländer, Gall, etc.).
Le catalogue des collections informatisées est disponible ici. Attention, seulement une infime partie de la collection existe sur science.mnhn :